1.合約書以本校為權責當事人，由本校與國家科學及技術委員會簽訂「專題研究計畫補助合約書」。計畫主持人請至國家科學及技術委員會網站線上簽署「專題研究計畫執行同意書」。
2.研發處承辦人於國家科學及技術委員會系統線上彙整已簽署執行同意書之計畫，並備文檢據向國家科學及技術委員會辦理請款。

研發處承辦人每月主動於國家科學及技術委員會系統線上彙整當月可請領第2期款之計畫（計畫執行期間達1/2者），並備文檢據向國家科學及技術委員會請款。

1.計畫主持人於期中各年計畫執行期滿前二個月依「國家科學及技術委員會專題研究計畫成果報告撰寫格式」撰寫期中進度報告，並至國家科學及技術委員會系統線上繳交。（詳閱「國家科學及技術委員會專題研究計畫研究成果報告繳交管理措施」）
2.國家科學及技術委員會審查期中進度報告後來函通知學校核定清單。
3.須執行國家科學及技術委員會已撥付款之支用百分比達70%以上者，始得備文檢據請領下1年度第1期款；但因特殊情形以致經費支用百分比未達70%之計畫，計畫主持人得提供經費「支用百分比未達70%之原因」送研發處承辦人以利填寫經費收支明細報告表。

依淡江大學科學技術研究發展採購辦法、淡江大學修繕採購財物估價審議辦法、淡江大學資訊軟硬體採購、維修、管理規則辦理。

1.依主持人提供人員資料表，由研發處承辦人按月請款。
2.直接撥入各研究人員郵局帳戶。
3.人事部分如有任何異動（聘期、薪津），請於每月25日前由主持人通知研發處承辦人員並重送 約用相關資料，以便於次月辦理更正。

1.每件計畫以每年核定總經費之2%核計並以2萬5千元為上限，經費核定清單上未列出者即不適用。
2.彈性經費之支出用途為與計畫相關之交通、接待國外訪賓之餐敘及饋贈、或國際交流等支出事項，其中如涉及現有法規訂有行政院一致規定者，仍應從其規定。

1.補助項目間之經費流用：（註：補助項目係指「業務費」、「研究設備費」、「國外差旅費」三項）。
（1）「業務費(含研究人力費、耗材、物品、圖書及雜項費用與國外學者來台）」及「研究設備費」（原有核定經費）之經費流出或流入。
（2）「國外差旅費」累計流出或流入未超過（含等於）計畫全程該項目原核定金額50%。

 2.補助項目內之用途變更：
（1）業務費-國外學者來台：變更、增列國外學者來台費用。
（2）研究設備費：變更、取消或增購設備(註明研究設備名稱、單價及用途)。
（3）國外差旅費：變更出國種類（執行國際合作與移地研究、出席國際學術會議）、出國之人員、天數、次數、地點(國家/城市)、會議名稱。（移地研究若有邀請／同意文件請附上，出席國際會議檢附論文接受函或議程）

3.原未核給「研究設備費」項目，擬增列此項目其經費額度在新臺幣5萬元以下者。(註明研究設備名稱、單價及用途)

1.發公文至國家科學及技術委員會變更：擬使用國外差旅費-出席國際學術會議經費出席該領域之重要國際學術會議，但無發表研究成果論文、專題演講或擔任會議主持人者，請主持人事先申請，檢附說明文件寄至研發處，由計畫承辦人以公文方式函送國家科學及技術委員會，俟國家科學及技術委員會審查後函復後將審查結果通知主持人。
2.線上申請國家科學及技術委員會變更：計畫主持人至國家科學及技術委員會系統線上送出變更申請後，列印紙本申請書經主持人及系主任簽章，最晚需於計畫期限前1工作天送達研發處。承辦人及主管簽核後，承辦人至國家科學及技術委員會系統線上確認並將變更申請案彙整送國家科學及技術委員會，俟國家科學及技術委員會審查及函復後將審查結果通知主持人。須至國家科學及技術委員會線上變更項目如下：
（1）計畫執行期限變更。（除特殊情形者外，延長期間最多以1年為限）
（2）移轉至新任職機構（需上傳新任機構聘書）、更換計畫主持人（需上傳個人簡歷及相關附件，或他校聘書）或共同主持人（需上傳個人簡歷及相關附件，或他校聘書）。
（3）計畫中／英文名稱變更。
（4）計畫註銷。（註銷計畫，需繳回已支用經費）
（5）計畫終止。
（6）計畫暫停執行。
（7）計畫經費流用及變更：

a.增列原未核給之補助項目；惟增列「研究設備費」且其經費額度在新臺幣5萬元以下者，則循校內程序申請。
b.「國外差旅費」累計流出或流入超過計畫全程該項目原核定金額50%。

各項經費追加減。變更之設備單價達50萬以上須於國家科學及技術委員會線上系統登錄。例如：
（a）原僅核定1項單價達50萬元設備，變更為多項單價未達50萬之設備。
（b）原僅核定單價未達50萬元設備，變更為單價達50萬之設備。
（c）變更前及變更後之設備單價任一項達50萬元者。

計畫主持人於計畫執行期滿後3個月內依「國家科學及技術委員會專題研究計畫成果報告撰寫格式」撰寫期末報告及出國心得報告，並至國家科學及技術委員會網站線上繳交。

1.結案通知：
（1）研發處承辦人於執行期限截止後將以紙本通知結案相關事宜（附憑證粘存單、薪資明細表），以及計畫案進用專任人員、勞僱型兼任人員(含講師級、助教級兼任人員)簽到退表繳交情形。
（2）若有變更申請依「國家科學及技術委員會補助專題研究計畫經費處理原則」第3點第3項規定，需填寫「國家科學及技術委員會補助專題研究計畫經費支出用途變更彙報表」者，請主持人摘要變更申請表內容填寫。
（3）請主持人確認後於「憑證粘存單」、「薪資明細表」主持人欄位簽章、需繳「變更彙報表」者請於製表處簽章後連同缺繳之「簽到退表」收齊後交回研發處。

2.結案申請：主持人已完成所有經費核銷，不再報支經費，請至財務資訊系統R250進行計畫案「結案」申請，系統將通知財務處辦理該年度計畫結案。

3.結案審核：財務處審核通過後系統通知研發處辦理結案。
（1）非轉撥案：依經費收支總表，研發處至國家科學及技術委員會網頁線上製作收支明細報告表，並裝訂結案清冊，會財務處後送文書組用印，於國家科學及技術委員會規定期限內函送國家科學及技術委員會進行計畫案經費結報及餘款繳回或多年期計畫案下年度請領第1期經費。
（2）轉撥案：依經費收支總表，研發處人工製作收支明細報告表，並裝訂結案清冊，會財務處後送文書組用印，於轉撥學校規定期限內函送該校進行計畫案經費結報及餘款繳回。
 

多年期計畫（非最後1年）經費結報後，財務處承辦人至財務資訊系統R220進行經費保留至下年度相對會計科目下繼續使用。

依國家科學及技術委員會稽催來文，通知主持人於來文期限內繳交各類報告，並函送繳交情形予國家科學及技術委員會。